أثير جدل كبير حول تحديد المنتخبات المشاركة بالبطولة. فمن بين 32 دولة أعربت عن نيتها في المنافسة بكأس العالم انسحبت سبع دول من البطولة قبل انطلاق التصفيات. من بين هذه الدول كانت الارجنتين لان بيرون منع منتخب بلاده من خوض مباريات تأهيلية أمام تشيلي وبوليفيا. ولم تعد الارجنتين إلى منافسات كأس العالم قبل بطولة عام 1958 في السويد.ولم تشارك تركيا والنمسا واسكتلندا أيضاً في كأس العالم 1950، وزادت أعباء البطولة عندما رفضت فرنسا والبرتغال، اللتان كانتا قد خرجتا بالفعل من التصفيات، الدعوة التي وجّهت إليهما للمشاركة بالبطولة. كما لم تكن مشاركة ألمانيا بالبطولة ممكنة حيث انها لم تكن قد انضمت مجدداً للاتحاد الدولي لكرة القدم (الفيفا) بعد الحرب.