تعتبر الجامعات مؤسسات عامة غير هادفة للربح، لذا صنفت وفق نظامها الجديد إلى بحثية وتعليمية وتطبيقية، وتركز الأولى على البحث العلمي والارتقاء به والاستفادة من البحوث في استخراج نتائج وتوصيات تفيد المجتمع، بينما تركز الجامعات التطبيقية على التعليم التطبيقي في مرحلتي الدبلوم والبكالوريوس وتخريج شباب لديهم الممارسات المهنية والتطبيقية، بينما تركز الجامعات التعليمية على التعليم في مرحلتي البكالوريوس والماجستير، وتتمتع كل جامعة بشخصية مالية مستقلة يمنحها حق التملك، والتصرف والاستثمار، والتقاضي، ويكفل لها هذا النظام الاستقلال التام مالياً وإدارياً. ومن هنا تستطيع أي جامعة أن تنمي مواردها المالية من الرسوم الدراسية والرسوم على الخدمات والتبرعات والهبات والمنح والوصايا وريع أملاكها، واستثماراتها وأوقافها حيث يحق للجامعة أن تنشأ برنامجاً للأوقاف يتم به تشجيع القطاع الخاص والأفراد، وكذلك الموارد المالية التي تحصل عليها الجامعات من الخدمات الاستشارية لجهات أخرى داخلية أو خارجية مقابل مبالغ مالية. كما سيساعد النظام الجديد إلى تنافس فيما بين الجامعات لتحسين العملية التعليمية، وسيسهم النظام الجديد في تخفيض اعتماد الجامعات على ميزانية الدولة وتحصيل موارد جديدة. كما سيعمل النظام على اتباع سياسة البيروقراطية الإدارية وترشيد الإنفاق الحكومي ومعنى ذلك أن نظام الجامعات الجديد يحقق هدفين؛

الأول اعتمادها على مواردها الذاتية لتغطية نفقاتها والهدف الثاني مواءمة متطلبات سوق العمل ومخرجات التعليم الجامعي وذلك من خلال مراجعة الخطط التعليمية للأقسام والبرامج بما يتوافق مع رؤية 2030. ويحقق المرونة الكاملة للطلاب والطالبات في اختيار تخصصاتهم.