يعود تاريخ إنشاء سجن «كوبر» إلى نحو 116 عاما مضت، إذ افتتح في 1903، وقد شيده الإنجليز بتعليمات من الجنرال كتشنر خلال احتلال السودان، وأقيم على مساحة نحو 5 آلاف متر مربع، ثم جرى تصميمه على شكل هندسي يحاكي سجون بريطانيا.

وأطلق اسم كوبر على السجن نسبة للجنرال الإنجليزي كوبر الذي تولى مهمة القائم بأعمال إدارة السجن، وعرف بصرامته وقسوته الشديدة، وقد أطلق اسمه على المنطقة التي بها السجن وسميت حي كوبر، فيما تقول رواية أخرى إن الاسم يعود لرتبة عسكرية كانت تطلق على صف الضباط في عهد الإنجليز وهي كوبرول، وكان هؤلاء يعملون في المراكب الشراعية، لكن معلومات سودانية أكدت دقة الرواية الأولى.

وكوبر هو المعتقل الذي سجن فيه أصحاب الرأي والمعارضون السياسيون، وكانت أول دفعة سجناء به من السودانيين الذين أبعدتهم السلطات المصرية بتوجيهات من القصر الملكي لانتقادهم ملك مصر. وتكشف المعلومات أنه نفذت فيه عمليات إعدام للمعارضين في انقلاب 1971، وزج فيه البشير بمعارضيه عقب انقلاب 1989.

ويعتقد مراقبون سودانيون أن نقل البشير إلى «كوبر» يمثل دلالة رمزية تعني أن البشير شرب من الكأس نفسه، وأن السجن سيئ السمعة الذي زج بمعارضيه فيه أصبح هو أحد نزلائه، وهو ما يمكن أن يكون بمثابة رسالة من المجلس الانتقالي بأنه ينفذ مطالب الحراك بإيداع رموز النظام السابق في هذا السجن الذي يثير الرعب في نفوس السودانيين، وأولهم رئيس النظام «المقتلع».