طبقا لاختصاصات هيئة الرقابة والتحقيق فإنها تتولى في مجال الرقابة إخضاع جميع الموظفين والعاملين المدنيين بكافة الجهات الحكومية والوزارات والمؤسسات والهيئات العامة ذات الميزانيات المستقلة، ومنشآت القطاع الخاص التي تخضع لإشرافها، والمؤسسات والشركات التي تساهم الدولة في رأسمالها أو تضمن لها حداً أدنى من الربح.

ويختص هذا الجهاز بإجراء الرقابة للكشف عن المخالفات الإدارية والتأكد من حسن الأداء، وإذا تكشف لها أثناء ممارساتها لاختصاصها أيٌّ من جرائم الوظيفة العامة أو غيرها من المخالفات الأخرى تحيط الجهة المختصة بذلك، إضافة إلى التحقيق في المخالفات المالية والإدارية لدى الجهات التي تخضع لرقابتها، وحالات التقصير في تنفيذ العقود الحكومية.

ويتولى «جهاز الرقابة» مهمة التأكد من مدى التزام القطاعات الحكومية بتطبيق أحكام نظام الخدمة المدنية ولوائحه التنفيذية والأنظمة والتعليمات المكملة له وفحص الشكاوى وما يحال إليها من الوزراء ورؤساء الأجهزة الحكومية، وما يرد إلى الهيئة من معلومات. وتبحث ما تنشره وسائل الإعلام عن أوجه القصور بالأجهزة الحكومية، والتأكد من سلامة تطبيق الأنظمة واللوائح والإجراءات الإدارية التي تقوم بها الأجهزة الحكومية وأنها تتم وفق الأنظمة واللوائح والتعليمات المقررة، إضافة إلى التعاون والتنسيق مع الأجهزة الرقابية الأخرى وتبادل المعلومات في مجال اختصاصها والرقابة على أعمال الجهات الحكومية ومتابعة حسن استخدام السيارات الحكومية وإجراء تفتيش دوري على المباني المستأجرة للتأكد من صلاحيتها وحسن استعمالها وملاءمتها لحاجة العمل.

وطبقاً لمهام هذا الجهاز الرقابي، المتابعة مع كل موظف أو مسؤول سواء بمركزه الوظيفي أو باسمه الشخصي إذا صدر حكم نهائي من المحكمة الإدارية يشير إليه بالمسؤولية الإدارية أو الجنائية وكذا الموظف الذي تُكتشف مخالفته من قبل جهاز الرقابة بالهيئة أو الجهات الرقابية الأخرى والموظفون الذين تطلب جهتهم الإدارية فصلهم لارتكابهم مخالفات إدارية، والموظفون المنسوب إليهم ارتكاب مخالفات في جهة غير التي يعملون بها، والموظفون الذين يتبعون أكثر من جهة ومنسوب إليهم ارتكاب مخالفة أو مخالفات مرتبط بعضها ببعض والموظف الذي يتسبب في تأخير الرد على استفسارات الأجهزة الرقابية بعد مضي شهر من تاريخ وصول الخطاب له. والموظفون المنتهية خدماتهم بالتقاعد أو الاستقالة المنسوب إليهم ارتكاب مخالفات أثناء خدمتهم إذا كانت العقوبة تستوجب الفصل.