يعد جمع وأرشفة المصادر المتعلقة بتاريخ وموروث المدينة المنورة من جل اهتمام مركز بحوث ودراسات المدينة المنورة، إذ جمع وأرشف ما يزيد على 100 ألف مخطوط مصور و60 ألف وثيقة، ورقياً ورقمياً، إضافة إلى الصور.

ويقوم المركز أيضا على مبادرة التوثيق الشفوي لتاريخ المدينة المنورة «رواياتهم»، التي جاءت بمبادرة ودعم من أمير منطقة المدينة المنورة رئيس مجلس نظارة المركز الأمير فيصل بن سلمان بن عبدالعزيز، لرصد وأرشفة جوانب مهمة من تاريخ مدينة رسول الله صلى الله عليه وسلم، من خلال مرويات ومشاهدات نخبة من الثقات، إلى جانب مبادرة فهرسة المكتبات الخاصة (فِهْرِسْت)، التي تُعنى بفهرسة المكتبات الخاصة بالمنطقة والعناية بها ودعمها، وذلك للمحافظة على هذا الإرث العلمي والتاريخي وفق منهجية تتسم بالإبداع واستخدام أحدث وسائل التقنية في الحفظ والأرشفة الرقمية.