تحولات جذرية شهدتها المؤسسة العسكرية التركية منذ حدوث الانقلاب العسكري المهندَس ضد أردوغان عام ٢٠١٦، حيث غيّر أردوغان فكر وجلدة المؤسسة العسكرية التي كانت يوما ما علمانية إلى جيش يؤمن بالإسلام السياسي والفكر الأيدلوجي الإخواني وسط خلافات وصراعات بين تيارات ومراكز قوى داخل العديد من الأجهزة الأمنية العسكرية. وعندما صادق أردوغان مؤخرا على قرارات التخلص والإطاحة بجنرالات وقيادات كبيرة في الجيش تصل إلى ٣٠ جنرالا وأدميرالا وترقية أتباعه بدلًا منهم.. فإن هذا الإجراء جاء بعد ورود معلومات استخباراتية بحدوث تمرد داخل الجيش كون بعض القيادات رفضت أخونة الجيش ومحاولة أردوغان أسلمته وتغيير موازين القوى بين التيارات المتنافسة داخل المؤسسة العسكرية وتغيير المعادلة التي كانت تحدد هوية المؤسسة واتجاهاتها، وتصوغ مسارات سياسات تركيا الخارجية.

ووفق مصادر أمنية تركية، فإن أردوغان استبق محاولة التمرد داخل الجيش عبر تسريع وتيرة الإقالات والتخلص والاعتقالات لقيادات الجيش وتوسيع صلاحيات أجهزة الاستخبارات للتخلص من القيادات العسكرية العلمانية وتطهير الجيش واستبدالها بقيادات إخوانية ليتحول إلى الحرس الثوري الأردوغاني الإخواني وإعادة هيكلته لضمان سيطرة أردوغان على الجيش تماما، وإحلال أتباعه بدلا من القيادات الرافضة لسياساته التوسعية، وتغيير عقيدته القتالية العلمانية إلى الإخوانية واتباع فلسفة الإسلام السياسي وفق توجهات أردوغان وأيديولوجيته السياسية والأفكار العثمانية الجديدة، ليصبح جيشا توسعيا عثمانيا يقاتل في الخارج لإعادة الخلافة ويدعم ويدرب الجماعات الراديكالية المتطرفة في إطار سياسات حزب العدالة والتنمية لترويض المؤسسة العسكرية والحد من تأثيرها على الحياة السياسية وأسلمته. وإذا كان أتاتورك نجح في حماية علمانية تركيا، فإن أردوغان غيّر فكر الجيش الذي أصبح مدافعا عن تنظيم الإخوان.. لقد ظهرت الصراعات داخل المؤسسة العسكرية إلى العلن بين ما تبقى من القيادات العلمانية وقيادات الإسلام الساسي.. إنها مرحلة أخونة الجيش.