يعد مشروع التكييف في مسجد نمرة من أحدث المشاريع التي شهدتها المشاعر المقدسة، لمعالجة وتطوير وتحديث أنظمة التكييف وتنقية الهواء. وأسهم المشروع في تأمين أجواء صحية وباردة للحجاج.

وكان نظام التكييف والتهوية السابق في مسجد نمرة يعتمد على أجهزة التكييف المنفصل (الطراز الدولابي والسقفي)؛ التي تعمل على تكييف الهواء داخل المسجد دون تجديده بهواء نقي من الخارج، إضافة إلى انخفاض وضعف كفاءة التكييف نتيجة لزيادة أعداد الحجيج داخل حرم المسجد، ما يتسبب في انخفاض نسبة الأكسجين داخل المسجد. ولإيجاد حلول جذرية لأنظمة التكييف والتهوية بمسجد نمرة أعيد حساب الأحمال الحرارية ومعدل تغيير الهواء المطلوب لكامل حجم المسجدين. وتلخصت في محورين أساسيين؛ الأول: الاستفادة من التكييف، وتدعيمه بوحدات تكييف جديدة ذات كفاءة تبريد أعلى من الطراز نفسه (دولابي وسقفي) بقدرة تبريدية تتجاوز 3540 طناً تبريدياً. وتمتاز وحدات التكييف المنفصل الحديثة بكفاءة عالية لتوفير الطاقة، حيث إن وحدة التكييف القديمة تستهلك 40 أمبيراً، ووحدة التكييف الحديثة تستهلك 14 أمبيراً.

والثاني: إضافة وحدات لتكييف ومعالجة الهواء تقوم بضخ هواء نقي من خارج المسجد «دون إعادة تدوير الهواء الراجع من داخل المسجد»، وذلك للمحافظة على نسبة الأكسجين المطلوبة مع زيادة كفاءة التبريد للمسجدين بقدرة تبريدية تتجاوز 3650 طناً تبريدياً، وتدعيمه بنظام طرد ميكانيكي للهواء لكي يتم تأمين دخول الهواء النقي.

وحققت عملية التطوير ضخ مليون و350 قدماً مكعباً في الدقيقة، وسحب 70% عن طريق مراوح الطرد، و30% عن طريق المداخل والأبواب، كما شمل المشروع تركيب الوحدات في مسجد نمرة بعدد 60 وحدة تكييف مركزية تنتج هواءً نقياً 100% وعدد 122 مروحة طرد للهواء غير النقي بقدرة تكفي لتغيير الهواء مرتين في الساعة، وعدد 494 وحدة تكييف منفصل دولابي.