شهد «مؤتمر الدوحة لحوار المذاهب الإسلامية.. أهمية الحوار لوحدة الأمة» نقاشات ساخنة بين علماء السنة والشيعة، وقد أثارت كلمة الدكتور يوسف القرضاوي التي ألقاها خلال افتتاح المؤتمر حفيظة بعض رجال العلماء الشيعة. فقد انتقد الدكتور محمد علي آذرشب القرضاوي بقوله :«لم نكن نتوقع من عالم جليل أن يقول ما قاله، خاصة أنه عمل على التحريض بدلاً من التهدئة» مطالباً بضرورة التوفيق بين المذاهب بعيداً عن التجريح.
وكان الشيخ القرضاوي قد قال في كلمة الافتتاح: «لا يجوز أن يحاول مذهب نشر مذهبه في بلاد خالصة للمذهب الآخر» داعياً الشيعة إلى ترك «المستفزات» وقال: «هناك أشياء تستفز كل مسلم ومنها سب الصحابة»، مضيفا: «لا يمكن أن نلتقي بوضع يدي في يدك وأنا أقول: عمر وعائشة رضي الله عنهما، وأنت تقول: لعنهما الله»على حد قوله.
أما الدكتور وهبة الزحيلي -عميد كلية الشريعة والدراسات الإسلامية بجامعة دمشق سابقا- فرأى أن الشيخ القرضاوي قد تكلم عن واقع وتطرق إلى حقائق ملموسة، مشيراً إلى أن الكلمات التي ألقيت خلال افتتاح المؤتمر لم يكن فيها تشدد لا من رجال الدين الشيعة ولا من رجال الدين السنة ونحن نسعى إلى أن تنتقل توصيات المؤتمر من النوايا إلى التطبيق العملي وقال : «ونحن متفائلون إزاء هذا الاجتماع الذي يجمع بين كافة الطوائف» موضحاً أن الشيخ القرضاوي تحدث عما يجري في الشارع الإسلامي بعيداً عن التطرف والدعوة إلى التعصب المذهبي وأضاف: «لا يجوز أن يتهم الدكتور محمد علي آذرشب القرضاوي بالتحريض والإساءة ولا بد أن يعلم الجميع انه قد قال كلمة حق وتناول الأخطاء بكل واقعية وجرأة بعيداً عن التطرف والمذهبية وقال: «إن الشيعة يدعون إلى محاسبة التاريخ ونحن نقول إن الدكتور يوسف يدعو إلى استئصال المشكلة من جذورها ودعا إلى عدم سب الصحابة وأن يبتعد بعض علماء الشيعة على الطعن في أمهات المؤمنين، وتبرئتهن من التهم التي نسبوها إليهن» وأضاف الزحيلي أن القرضاوي نادى بضرورة وقف المد الشيعي في بلاد الشام وفلسطين والعديد من الدول الأخرى التي تدعو إلى إذكاء نار الفتنة مشيراً إلى أن الحقد الطائفي والاتهامات هي التي تؤجج نار الفتن بين المذاهب.