يختلف المؤرخون حول الأسباب التي أدت إلى تسمية البحر الأحمر بهذا الاسم، وتقول العديد من التفسيرات التاريخية والعلمية إنها تعود لسمات البحر الأحمر الطبيعية، بما يحتوي من طحالب وعوالق نباتية يميل لونها إلى اللون الأحمر، وهي من أشهر أنواع الطحالب الموجودة في مياه هذه المنطقة وتغطي مساحة كبيرة منه، وتعطي البحر لوناً أحمر خلاباً بارزاً عند الغروب، فيما يرجع آخرون التسمية نسبة لحدوده مع الصحراء المصرية التي كان القدماء المصريون يسمونها «الأرض الحمراء»، بعد أن سماه العرب قديماً ببحر القلزم، فيما تقول «ويكيبيديا» أن فرضية ثالثة تشير إلى أنه نسبة إلى قبيلة حمير التي سكنت اليمن وكان ينسب إليها.