أصدر مشروع قطار الحرمين جدول رحلات القطار خلال أيام شهر رمضان وفق كثافة المسافرين بين محطتي مكة المكرمة والمدينة المنورة، إذ تم تحديد أيام (السبت، الإثنين، الخميس) 3 رحلات ذهابا والعودة مثلها، وطبقا للجدول تبدأ الرحلات من الساعة 4 صباحا وتستمر حتى 12 مساء. وفي أيام (الجمعة، الأحد، الأربعاء) 12 رحلة للمدينة ومثلها للعودة، ويوم الثلاثاء رحلة واحدة، مع فتح محلات تموينية ووجبات سريعة في المحطات لتلبية احتياجات المسافرين، وتخصيص موظفين وموظفات سعوديين لخدمة المسافرين، والإجابة عن استفساراتهم، وإرشادهم إلى مواقع الانتظار والسير لصعود القطار.